Συλλογή
Οι συλλογές του Μουσείου αποτελούνται από 46.000 και πλέον αρχαία (έως το 1830) κινητά μνημεία και έργα νεώτερης ή σύγχρονης τέχνης, τα οποία χρονολογούνται από τον 2ο έως και τον 20 αι. Κυρίως απαρτίζονται από τις παλαιότερες συλλογές της αρχικής Εφορείας Αρχαιοτήτων Μακεδονίας και της πρώην 9ης Εφορείας Βυζαντινών Αρχαιοτήτων, στην οποία υπαγόταν πριν την ανεξαρτητοποίησή του, το 1997, το Μουσείο Βυζαντινού Πολιτισμού. Προέρχονται κατά κύριο λόγο από ανασκαφικές έρευνες (συστηματικές ή σωστικές), από περισυλλογές, κατασχέσεις, κληρονομιές, δωρεές (από το 1958), είτε από αγορά με κρατική χρηματοδότηση ή χορηγία. Το μεγαλύτερο μέρος (αριθμητικά) αποτελούν οι συλλογές των νομισμάτων-σφραγίδων και της μικροτεχνίας, ενώ ακολουθούν εκείνες των γλυπτών και των εικόνων. Τα αρχαία αντικείμενα των συλλογών προέρχονται κυρίως από τη Θεσσαλονίκη και τη Μακεδονία, από ναούς ή άλλα δημόσια και ιδιωτικά κτίρια, από τα νεκροταφεία. Ιδιαίτερα σημαντικές, και αριθμητικά, είναι οι Συλλογές των μεγάλων δωρητών του Μουσείου, Δημήτριου Οικονομόπουλου και Ντόρης Παπαστράτου. Η συλλογή των χαρακτικών της Παπαστράτου αποτελεί μια από τις σημαντικότερες διεθνώς. Επίσης το Μουσείο διαθέτει και εκθέτει την πλουσιότερη συλλογή ταφικής ζωγραφικής (3ου-8ου αι.) στην Ελλάδα και μια από τις πλέον ενδιαφέρουσες στον μεσογειακό χώρο. Γυάλινα αγγεία εξαιρετικής τέχνης, εγχώρια και εισηγμένα, μαρτυρούν για τις εμπορικές επαφές στον μεσογειακό χώρο. Ιδιαίτερης σημασίας είναι και η συλλογή των εικόνων, στην οποία συγκαταλέγονται μοναδικά έργα των μεγαλύτερων επώνυμων ζωγράφων του 16ου-17ου αι., αλλά και αριστουργήματα της παλαιολόγειας ζωγραφικής του 14ου αι. Η συλλογή χειρογράφων, αν και μικρή ποσοτικά, περιλαμβάνει μια σειρά περγαμηνών κωδίκων, υψίστης ιστορικής, παλαιογραφικής και καλλιτεχνικής αξίας. Μια σειρά σπάνιων υφασμάτων και ενδυμάτων πρωτοβυζαντινών χρόνων, με προέλευση την Αίγυπτο, αποτελούν μακροχρόνια δάνεια από το Μουσείο Μπενάκη. Μεταξύ των νεώτερων και σύγχρονων έργων της συλλογής συγκαταλέγονται δημιουργίες του Σπύρου Παπαλουκά, του Πολύκλειτου Ρέγκου και του Νίκου Αλεξίου, οι οποίες δωρίθηκαν στο Μουσείο. Ιδιαίτερης σημασίας είναι και η σειρά αντιγράφων παλαιοχριστιανικών τάφων και ψηφιδωτών (Ροτόντα) του Χρήστου Λεφάκη. Τα αντικείμενα των συλλογών του Μουσείου είναι περιζήτητα στις περιοδικές εκθέσεις που διοργανώνονται τόσο στην Ελλάδα όσο και στο εξωτερικό.