Η συλλογή των ελληνικών χειρογράφων του Μουσείου Βυζαντινού Πολιτισμού αριθμεί συνολικά 27 έργα και είναι γνωστή από ορισμένα ελληνικά αριστουργήματα, ενώ περιέχει και κάποια ξένα έργα. Τα χειρόγραφα χρονικά καλύπτουν την περίοδο από τους παλαιοχριστιανικούς έως τους νεότερους χρόνους. Τη μεγαλύτερη ομάδα αποτελούν οι περγαμηνοί κώδικες με το σημαντικότερο χριστιανικό κείμενο που είναι το Ευαγγέλιο. Διακρίνονται στα τετραευάγγελα, όπου το κείμενο με τα ευαγγελικά αναγνώσματα για τις Κυριακές και τις μεγάλες γιορτές συνήθως είναι συνεχές, γραμμένο σε δύο στήλες, με τη σειρά Ματθαίος, Μάρκος, Λουκάς, Ιωάννης, και στα ευαγγελιστάρια που περιέχουν διάφορες περικοπές. Ανάμεσά τους ξεχωρίζουν το φύλλο πορφυρού κώδικα Ευαγγελίου με χρυσά και αργυρά γράμματα, από το Σαμουρσακλί Καππαδοκίας της Μ. Ασίας και το τετραευάγγελο με τις προσωπογραφίες των συγγραφέων ευαγγελιστών. Τη συλλογή συμπληρώνουν κώδικες με λειτουργικά βιβλία απαραίτητα στις εκκλησιαστικές ακολουθίες, όπως οι Λειτουργίες του Ιωάννου του Χρυσοστόμου, του Μεγάλου Βασιλείου, Ειρμολόγιο, Οκτώηχος, καθώς επίσης μουσικά χειρόγραφα, Μηναία με λειτουργίες και βίους αγίων. Από τα κείμενα της Παλαιάς Διαθήκης στη συλλογή του Μουσείου σώζονται χειρόγραφα με τις Προφητείες και το Ψαλτήριο με χρήση στις ακολουθίες. Το δεύτερο αντιγράφηκε πολύ συχνά και εκτός από το θεολογικό του περιεχόμενο ήταν επίσης αγαπητό, ως διδακτικό βιβλίο με ευρεία χρήση για την εκμάθηση ανάγνωσης. Επιπλέον, έργα με εποικοδομητικά και ψυχωφελή  αναγνώσματα στη συλλογή είναι οι Λόγοι Πατέρων της Εκκλησίας, Συναξάριο αγίων και το Κανόνιο νηστειών. Από τα νεότερα έργα της συλλογής είναι κατάστιχα οικονομικού περιεχομένου, ακόμη και ένα πατριαρχικό σιγγίλιο. Τέλος, εντυπωσιάζουν τα λυτά φύλλα από το Κοράνι και  ένα οθωμανικό χειρόγραφο.