Η μικρή σε αριθμό, αλλά ενδιαφέρουσα συλλογή νεότερων έργων τέχνης του Μουσείου Βυζαντινού Πολιτισμού περιλαμβάνει έργα σύγχρονων καλλιτεχνών με αναφορές στη βυζαντινή ή χριστιανική τέχνη.

Ιδιαίτερης σημασίας είναι το έργο του Σπύρου Παπαλουκά Ωράριο, το οποίο η κόρη του Μίνα δώρισε στο Μουσείο το 2007. Έτσι, στη συλλογή του Μουσείου περιήλθαν 22 ελαιογραφίες σε χαρτόνι που αποτυπώνουν σκηνές του Ακάθιστου Ύμνου, τις οποίες ο ζωγράφος φιλοτέχνησε το 1923-4, στο πλαίσιο περιήγησής του στον Άθω με τον λογοτέχνη Στρατή Δούκα. Πρότυπό τους υπήρξε η εικονογράφηση του ωραρίου του αρχιερέα Δωρόθεου (16ος αι.) που φυλάσσεται στη Μονή Σταυρονικήτα.

Η συλλογή περιλαμβάνει επίσης δύο αγιογραφίες του Πολύκλειτου Ρέγκου, καλλιτέχνη που επηρεάστηκε τόσο από τα ρεύματα του μοντερνισμού, όσο και από τη βυζαντινή τέχνη.

Η σύγχρονη εικαστική δημιουργία εκπροσωπείται στη συλλογή με τον Νίκο Αλεξίου και τα έργα που ο καλλιτέχνης δώρισε στο Μουσείο το 2008. Πρόκειται για 18 ψηφιακές εκτυπώσεις σε χαρτί, μέρος της εγκατάστασης με τίτλο The End (Το Τέλος), που εκπροσώπησε την Ελλάδα στην 52η Μπιενάλε της Βενετίας το 2007 και στη συνέχεια παρουσιάστηκε σε νέα εκδοχή στο Μουσείο. Ο κεντρικός πυρήνας του έργου που εμφανίζεται και στη σειρά έργων του ΜΒΠ αντλεί από το ψηφιδωτό δάπεδο της Ιεράς Μονής Ιβήρων του Αγίου Όρους (α΄ μισό 11ου αιώνα).

Στην ίδια ενότητα εντάσσεται επίσης η συλλογή αντιγράφων του Μουσείου Βυζαντινού Πολιτισμού, η οποία περιλαμβάνει περισσότερα από 50 αντίγραφα παλαιοχριστιανικών και βυζαντινών τοιχογραφιών, ψηφιδωτών και γλυπτών.

Σημαντικό μέρος της συλλογής αντιγράφων αποτελούν τα έργα του Χρήστου Λεφάκη, καλλιτέχνη που θεωρήθηκε από τους κύριους εκπροσώπους της ζωγραφικής αφαίρεσης στην Ελλάδα. Ο Λεφάκης εργάστηκε για την Αρχαιολογική Υπηρεσία ως καλλιτεχνικός σύμβουλος και σχεδιαστής, αποτυπώνοντας τοιχογραφίες και ψηφιδωτά. Στο πλαίσιο της διοργάνωσης στη Θεσσαλονίκη του Θ΄ Διεθνούς Βυζαντινολογικού Συνεδρίου το 1953, του ανατέθηκε η αντιγραφή τμημάτων από ψηφιδωτά και τοιχογραφίες από βυζαντινά μνημεία. Από το σύνολο αυτό, ξεχωρίζουν οι προτομές αγίων που αντιγράφουν τις αντίστοιχες στα ψηφιδωτά του θόλου της Ροτόντας του τέλους του 4ου αι. Μάλιστα, η πρωτότυπη μέθοδος αντιγραφής ψηφιδωτών που επινόησε στάθηκε η αφορμή για να του χορηγηθεί υποτροφία του ιταλικού κράτους (1953-4), για τη μελέτη τεχνικών καθαρισμού και στερέωσης τοιχογραφιών και εικόνων.

Ιδιαίτερης σημασίας είναι τα αντίγραφα τοιχογραφιών που ο Λεφάκης πραγματοποίησε από παλαιοχριστιανικούς τάφους, οι οποίοι ήρθαν στο φως στο πλαίσιο της ανοικοδόμησης της πόλης κατά τη δεκαετία 1950 – 1960. Καθώς με τις συνθήκες της εποχής, η αποτοίχιση των τοιχογραφιών ήταν αδύνατη, μετά την αντιγραφή τους από τον Λεφάκη οι τάφοι καταχώθηκαν ξανά.

Τέλος, στη συλλογή αντιγράφων του Μουσείου Βυζαντινού Πολιτισμού περιλαμβάνονται και εκμαγεία γλυπτών μελών, που είναι ενσωματωμένα στο Επταπύργιο και τα βυζαντινά τείχη της Θεσσαλονίκης.