Το Μουσείο διαθέτει επτά διαφορετικά εργαστήρια συντήρησης, πλήρως εξοπλισμένα, τα οποία ειδικεύονται σε συγκεκριμένα είδη αρχαιολογικού υλικού, ξύλου και εικόνων.
Το Μουσείο διαθέτει τις πλέον κατάλληλες συνθήκες φύλαξης και εργασίας του προσωπικού.
Στο εργαστήριο διεκπεραιώνεται μια ευρεία γκάμα εργασίες, διάγνωσης, τεκμηρίωσης και συντήρησης των χειρόγραφων και έντυπων βιβλίων όπως και έργων τέχνης.
Στο εργαστήριο πραγματοποιείται η συντήρηση και η αποκατάσταση των ζωγραφικών και των ξυλόγλυπτων έργων.
Στο εργαστήριο συντηρούνται κεραμικά και γυάλινα αντικείμενα αλλά και αντικείμενα της συλλογής της μικροτεχνίας που είναι κατασκευασμένα από κεραμικό, γυαλί, οστό, πέτρα, ξύλο.
Στο εργαστήριο πραγματοποιούνται οι εργασίες συντήρησης και αποκατάστασης των νομισμάτων και των μεταλλικών αντικειμένων από φθορές, οξειδώσεις και αλλοιώσεις.
Στο εργαστήριο γίνεται ο έλεγχος της κατάστασης διατήρησης των γλυπτών της μόνιμης έκθεσης,
Στο εργαστήριο πραγματοποιούνται εργασίες αποκατάστασης σε αποτοιχισμένα τμήματα τοιχογραφιών και η επανατοποθέτηση αυτών σε φορητό υποστήριγμα.
Το εργαστήριο ασχολείται με τη συντήρηση, έκθεση και διατήρηση των ψηφιδωτών που βρίσκονται στην συλλογή του.
